Finderを使っていると「.(ドット)」で始まるUNIX特有の不可視ファイルやシステムが利用する重要なファイルなど、一部不可視設定になっているファイルがFinder上で表示されなくなっていると思います。
これらはターミナルからコマンドを使うとアクセスすることができますが、以下のコマンドを実行することでFinder上からも見えるようにすることができます。
$ defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles -bool true
$ killall Finder
元に戻すときは次のコマンドを実行します。
$ defaults delete com.apple.finder AppleShowAllFiles
$ killall Finder
まぁ、設定するのにターミナルが必要なので、だったらターミナルからアクセスすればいいじゃんって気がしなくもないですが、どうしてもFinderからアクセスする必要があれば設定してみてください。