SwiftでNSApplicationのサブクラスを作る方法です。

まず、メニューまたは右クリックから「New File…」を選びます。

Cocoa Classを選びます。

Subclass of の欄でNSApplicationを選択し、サブクラス名を登録して作成します。

左のファイル一覧でInfo.plistを選びます。

ここが重要。
Principal classの欄に新しく作成したクラス名を登録するのですが、ここで単にクラス名だけじゃなく、「アプリ名.クラス名」のように登録します。
単にクラス名だけ登録しても、「Unable to find class: ***, exiting」というエラーが出て起動しませんのでご注意ください。